Este problema se debe a que no tienes dado de alta ningún porcentaje asociado a dicho impuesto.
Para crearlos debes seguir los siguientes pasos:
Ir a Configuración > Configuración avanzada > Impuestos > Sobre el total y pulsar editar y "Nueva línea", define el porcentaje. Si este se usa por defecto, en compra o venta, marca la casilla correspondiente; por último, pulsa en guardar cambios.
Para que el IRPF reste, debes pulsar sobre el cuadro "marcar si es sustractivo".