Sí. Desde Configuración > Configuración avanzada > Correos electrónicos > Plantillas de correo, pulsa Nuevo para crear tantas plantillas como necesites por cada tipo de documento.
Al crear o editar una plantilla de correo, indica un Nombre para uso interno y, en la columna derecha, selecciona el Tipo de documento. Puedes marcar la casilla Por defecto en una plantilla por cada tipo de documento.
Configura tu mensaje haciendo uso de las Etiquetas dinámicas ubicadas en el lateral derecho y decide si quieres usar la Firma predefinida en tu cuenta (la indicada en la plantilla Predeterminada) o si deseas crear una firma particular en cada plantilla de correo.
En el listado, la plantilla "Predeterminada" estará marcada Por defecto. Esta será la que se utilice para todos los tipos de documentos que no tengan una plantilla personalizada por defecto.
Por último, si deseas vincular una plantilla de correo a una referencia, accede a Configuración > Configuración básica > Referencias y selecciona una plantilla en cada referencia individual deseada.