Debes relacionar la factura de proveedor al proyecto, una vez relacionada, dentro del proyecto en la pestaña "Relacionados" debes desmarcar el cuadrante "Analizar" para que no tome en cuenta el importe total de la factura en el análisis del proyecto.
Para imputar el gasto que corresponda en tu proyecto debes generar albaranes / notas de entrega o de trabajo con las líneas de lo que realmente afecta al proyecto y relacionarlos al proyecto, de esta forma imputas los costes correspondientes y sacas del stock lo que realmente gastas en ese proyecto.