¿Cómo imputar facturas de proveedor a un proyecto donde tenga líneas que no pertenezcan a ese proyecto?

Debes relacionar la factura de proveedor al proyecto, una vez relacionada, dentro del proyecto en la pestaña "Más información" debes indicar que esa factura "No afecta a rentabilidad"

Luego debes generar albaranes / notas de entrega o de trabajo con las líneas de lo que realmente afecta al proyecto y relacionarlos al proyecto, de esta forma imputas los costes correspondientes y sacas del stock lo que realmente gastas en ese proyecto.