No, una vez que se crean los almacenes no se pueden eliminar, pero puedes acceder al mismo y pulsar en la pestaña “oculto” para que este no se visualice.
Desde la cuenta de los usuarios, si este almacén está oculto, no va a aparecer dentro del apartado Multialmacén > Mis almacenes. Tampoco van a poder visualizar dicho almacén desde Catálogo > Productos > Filtro almacén (donde solo aparecerán los almacenes sobre los que tengan permisos de visibilidad / realización).
Para volver a activarlo debes hacerlo desde el usuario superadministrador, accediendo Multialmacén > Mis almacenes > pulsar sobre el almacén > Editar > desmarcar Oculto.