Que la referencia de STEL Order coincida con el folio asignado por el SII es complicado. Lo podrás configurar para que vayan igual el folio del SII y la referencia de STEL Order, sin embargo, no siempre el SII asigna el folio en orden, puesto a que se puede asignar un folio pendiente y ya se crea una discordancia entre referencia de factura y folio fiscal, son dos numeraciones diferentes.
Para configurar o cambiar la secuencia numérica de la referencia de STEL Order lo debes hacer desde: Configuración > Configuración básica > Referencias.