Puede deberse a que tienes registrado en el apartado Clientes, con el mismo nombre y CIF el mismo cliente, con lo cual al generar los documentos has indicado diferentes referencias de clientes.
Por esa razón, se generan varias facturas, ya que el programa no reconoce la misma referencia de cliente para esos documentos.
Accede a los albaranes, pulsa Editar e indica la misma referencia de cliente para esos documentos.
¡Ya puedes generar la factura de múltiples albaranes!