Sí, puedes generar la factura con orden de fecha diferente.
Cuando quieres generar una factura de varios albaranes del mismo cliente y quieres que se muestren según orden de fecha de más antiguo al más nuevo, debes acceder a Venta/SAT > Albaranes/Notas de entrega/Nota de trabajo.
Debes pulsar en la columna Fecha para que se ordenen. Puedes ordenar por fecha más reciente o por fecha más antigua.