El estado Borrador sirve para generar facturas sin referencia en el programa.
El borrador es una forma de que puedas crear ejemplos de factura sin vincularse a referencias. También te pueden servir de "prueba".
Debes indicar este estado antes de guardar la factura, para que no se genere con referencia.
Si deseas que la factura se guarde con una referencia, debes acceder a la factura, pulsar Editar y cambiar el estado a Pendiente. Una vez guardes, tendrás tu factura referenciada siguiendo la numeración de la Referencia del documento.