¿Mis clientes podrán crear incidencias dentro del apartado cliente de Shop?

Sí, para ello debes activar este permiso en la Shop. Desde Funcionalidades > Mi STEL Shop > Portal > pestaña Usuarios, en modo editar, debes marcar la casilla de Ver (si también quieres que vean las incidencias generadas) y Crear (para que puedan crearlas desde su apartado de cliente)

Una vez que realices estos cambios, recuerda pulsar en Publicar borrador.