Puedes eliminar un producto de la Shop si accedes a la ficha del producto > pestaña Shop, pulsas en Editar dentro de la pestaña y desmarcas la casilla Mostrar en Shop.

También puedes hacerlo masivamente por medio de una actualización desde Configuración > Importar/Exportar > Actualizar desde fichero, indicando en tipo de información "Productos Shop" y en el campo "Mostrar Shop" indicar No.