¿Se puede marcar el cobro parcial en una factura a través del pago con tarjeta?

Sí, para realizar un cobro parcial a través de la tarjeta, se debe generar la factura ordinaria con total normalidad y, cuando la previsualices para enviar, debes establecer en el apartado “pago online” la cantidad parcial que vas a cobrar al cliente. 

De esta forma, cuando tu cliente reciba la factura, si pulsa en pagar, le solicita solo la cantidad parcial que has apuntado. Una vez efectuado el cobro, la factura pasará a ser parcialmente cobrada.