Desde el listado de Facturas, selecciona una factura y haz click en Más > Pagar online > Pago con PayPal o Tarjeta.
Va a salir en la pantalla una ventana para poner el concepto del pago y la cantidad que quieres cobrar de esa factura. En caso de querer pagos parciales, tienes que introducir la cantidad parcial que quieres que te paguen en ese momento, y al cobrar, se generan dos recibos, uno con la cantidad pagada y otro con la cantidad restante.