Debes acceder al documento, en la parte superior pulsar en Editar, seguidamente en la línea del producto, en el campo referencia haz click derecho con el ratón, seleccionas la opción "Modificar precio de compra de la línea" y te permitirá cambiar el precio de compra de ese producto, de esa forma puedes tener una rentabilidad real.
Ten en cuenta que ese cambio solo afecta al documento, nunca modificará el precio de compra en el catálogo.