Como dentro del apartado Compras no hay un apartado específico para registrar facturas de abono a proveedores, debe acceder a Compras > Facturas de proveedor, seleccionar la factura y pulsar en la parte superior Más > Duplicar > Factura de proveedor y poner en las unidades el signo negativo para que el importe reste y se ajuste el stock.
Puedes crear una referencia de tipo factura de proveedor llamada "ABO" para que, cuando se te presente este caso, tengas una referencia asociada que te permita saber a simple vista que es una factura de abono.