Como dentro del apartado Compras no hay un apartado específico para registrar facturas de abono a proveedores, debe acceder a Compras > Facturas de proveedor, seleccionar la factura y pulsar en la parte superior Más > Duplicar > Factura de proveedor y poner en las unidades el signo negativo para que el importe reste y se ajuste el stock.
Puedes crear una referencia de tipo factura de proveedor, llamada ABO, para cuando se te presente este caso, tener una referencia asociada que te permita saber que es una factura de abono a simple vista.