En ambos sitios puedes registrar los gastos. Lo que debes tener en cuenta es que, desde el apartado Catálogo > Gastos e inversiones, tienes que dar de alta gastos genéricos que incluyen IVA, ya sea luz, agua, teléfono, etc.
Una vez que se da de alta el gasto genérico, se debe seguir el proceso de creación de una factura de proveedor. En este caso, es recomendable crear una referencia de factura de proveedor diferenciada de la que utilizamos normalmente para distinguir las usadas habitualmente de las que son de tipo gastos de la empresa.
En Compras > Tickets y otros gastos, debes registrar los gastos que no incluyen IVA, ya sean facturas simplificadas de restaurantes, así como sueldos, pagos de impuestos, etc.