Este problema se debe a que no tienes dado de alta ningún porcentaje asociado a dicho impuesto.

Para crearlos debes seguir los siguientes pasos:

Ir a Configuración > Configuración avanzada > Impuestos > Sobre el total y pulsar editar y "Nueva línea", define el porcentaje. Si este se usa por defecto en compra o venta marca la casilla correspondiente, por último pulsa en guardar cambios.

Para que el IRPF reste debes pulsar sobre el cuadro "marcar si es sustractivo".