¿Por qué si introduzco un usuario como miembro de un almacén este puede acceder, pero no puede seleccionar dicho almacén de salida para generar un traspaso de stock/ documento de venta?

Porque su permiso sobre dicho almacén es sólo de visualización, si además necesitas que pueda realizar traspaso de stock debes activar dentro del almacén el permiso de utilizar.