No, una vez que se crean los almacenes no se pueden eliminar, pero puedes acceder al mismo y pulsar en la pestaña “oculto” para que este no se visualice.

Desde la cuenta de los usuarios si este almacén está oculto no va a aparecer dentro del apartado Multialmacén > Mis almacenes, tampoco van a poder visualizar dicho almacén desde Catálogo > Productos > Filtro almacén (dónde sólo aparecerán los almacenes sobre los que tengan permisos de visibilidad/ realización).

Para volver a activarlo debes hacerlo desde el usuario súper administrador, accediendo Multialmacén > Mis almacenes > pulsar sobre el almacén > Editar > desmarcar Oculto.