¿Por qué si mi cliente me paga un presupuesto / cotización, pedido / orden de trabajo, albarán / nota de entrega por tarjeta no se marca la factura cómo cobrada de forma automática?

Esto se debe a que el único documento que tiene recibo y por tanto se puede marcar como cobrado de forma automática es la factura. Por tanto, si tienes activada la opción de que tu cliente te pague con cualquier otro tipo de documento, aunque recibas la notificación del cobro, debes acceder a dicho documento, pasarlo a factura y marcar el cobro.