Para llevar la trazabilidad de una factura de abono hay que generarla desde la factura ordinaria Más > Generar > Factura de abono.

Si quieres compensar esas facturas, debes marcar la factura ordinaria cómo cobrada y la factura de abono cómo pagada.

De esta forma ambas facturas estarán compensadas.

Puedes indicar en el campo Título de la factura de abono, “Abonada”, para que conste esa información. También puedes indicarla en el recibo de la factura de abono, en el campo Concepto.