Debes acceder al documento, en la parte superior pulsar en Editar, seguidamente en la línea del producto, en el campo referencia haz clic derecho con el ratón, seleccionas la opción "Modificar precio de compra de la línea" y te permitirá cambiar el precio de compra de ese producto, de esa forma puedes tener una rentabilidad real. 

Te en cuenta que ese cambio sólo afecta al documento, nunca modificará el precio de compra de compra en el catálogo.