Para indicar precios especiales en un cliente, puedes configurarlo desde la propia ficha del cliente > Precios especiales > + Nuevo.

Se abrirá una ventana en la cual podrás establecer el producto y precio especial, así como indicar el descuento y márgenes a aplicar.

El precio especial se mostrará en los documentos que generes, para ello primero indica el cliente y después el producto para que el programa detecte el precio especial.