Para indicar precios especiales en un cliente, puedes configurarlo desde la ficha del cliente, en la pestaña Precios especiales > + Nuevo.
Se abrirá una ventana en la cual podrás establecer el producto y precio especial, así como indicar el descuento y márgenes a aplicar.
El precio especial se mostrará en los documentos que generes. Para ello, primero indica el cliente y después el producto para que el programa detecte el precio especial.