No es posible ocultar un cliente o desactivarlo, pero puedes hacer uso de la función de aviso emergente para añadir una anotación, la cual aparecerá cuando generes un documento a dicho cliente a modo de aviso.
Para esto, tienes que acceder a la ficha del cliente, ir a la pestaña General > Aviso emergente, realizar la anotación que necesites y pulsar en "Guardar".
Una vez que generes un documento sobre dicho cliente, aparecerá el aviso emergente que haya indicado en ese campo.